Stálymi poradnými orgánmi generálneho riaditeľa PÚ SR sú:
1. Riaditeľská rada
Podľa tohoto organizačného poriadku sú riadnymi členmi riaditeľskej rady: generálny riaditeľ, vedúci osobného úradu, vedúci úsekov pamiatkového úradu, riaditelia úradov, vedúci ateliérov, predseda odborovej organizácie.
2. Operatívna porada
Podľa tohoto organizačného poriadku sú riadnymi členmi operatívnej porady: generálny riaditeľ, vedúci osobného úradu, vedúci úseku generálneho riaditeľa, vedúci úseku výkonu štátnej správy a odborných činností a vedúci ekonomicko-prevádzkového úseku. Generálny riaditeľ môže na rokovanie operatívnej porady podľa programu prizvať ďalších zamestnancov a expertov.
3. Vedecká rada PÚ SR
Členmi vedeckej rady sú významné osobnosti a odborníci z oblasti ochrany PF a príbuzných disciplín. Vedecká rada sa zaoberá predovšetkým:
4. Komisia pre posudzovanie evidencie pamiatkového fondu
Komisia sa zaoberá posudzovaním návrhov na vyhlásenie, zmenu a zrušenie vyhlásenia kultúrnych pamiatok, ochranných pásiem, pamiatkových rezervácií a pamiatkových zón, a pamiatok do Zoznamu svetového kultúrneho dedičstva.
5. Reštaurátorská komisia
Reštaurátorská komisia sa vyjadruje k reštaurátorskej dokumentácii, výskumom a realizačným prácam v ich rozpracovanosti a po ich ukončení pri náročnejších akciách. Členmi komisie sú poprední reštaurátori a metodici v oblasti ochrany pamiatkového fondu.
Generálny riaditeľ si zriaďuje ďalšie poradné orgány podľa potreby.
6. Odborno-metodická komisia (dalej len "OMK")
Subkomisia odborno-metodickej komisie pre archeológiu
Riadnymi členmi OMK sú podľa tohoto organizačného poriadku odborní zamestnanci PÚ SR, navrhnutí vedúcim úseku štátnej správy.
OMK sa zaoberá:
prešetrovaním rozporov voči vyjadreniam krajských pamiatkových komisií,
Závery OMK slúžia ako podklad pre odborné činnosti PÚ SR a KPÚ a pre výkon I. a II. stupňa štátnej správy na úseku ochrany pamiatkového fondu.